همزمان با حضور ده‌ها کشور خارجی پس از سال ۲۰۰۱ میلادی و حاکم شدن فضای باز و تهاجم فرهنگی گسترده غربی در کشور، علمای اهل تشیع به رهبری حضرت آیت الله العظمی محسنی (رح) برای تبیین و گسترش آموزه های دینی در هم‌صدایی با علمای جید اهل تسنن وارد صحنه شدند. در سال ۱۳۸۱ این تلاش‌ها برای ایجاد یک آدرس مقتدر آغاز و سرانجام در سال ۱۳۸۲ شورای علمای شیعه تاسیس شد.
شورای علمای شیعه افغانستان بعد از تشکیل، نقش مهمی در تاسیس نظام قبلی نیز بازی کرد؛ اضافه کردن پیشوند اسلامی در نام نظام از شاهکارهای آکادمیسین کشور، حضرت آیت‌الله العظمی محسنی (ره ) رئیس فقید شورای علمای شیعه بود که در لویه جرگه قانون اساسی مطرح و با اکثریت آرای مطلق تصویب شد.
این شورا به عنوان پرچمدار دفاع از ارزش‌های دین مبین اسلام ایجاد و به خوبی درخشید. تلاش‌ها برای تصویب قانون احوال شخصیه اهل تشیع، گنجانیده شدن فقه جعفری در نصاب تعلیمی، ایجاد اخوت و برادری بین پیروان مذاهب اسلامی و اقوام ساکن در کشور از کارکردهای مهم این شورا است.
علمای دینی که به عنوان وارثان و تداوم دهنده خط و اهداف بلند پیامبران الهی و امامان معصوم هستند از جایگاه بلندی در جامعه برخوردارند و نقش مهمی در رهبری و پیشرفت جامعه بازی می‌کنند. شورای علمای شیعه در دو دهه گذشته در ترویج فرهنگ اسلامی و منافع ملی و مردم گام‌های ارزش‌مندی برداشته است.
درهمین حال عالمان اهل سنت نیز تاکید می‌کنند که شورای علمای شیعه افغانستان همواره در راستای منافع مردمی و ایجاد فضای اخوت و برادری در کشور تلاش‌های گرانسنگی را انجام داده است.
شهروندان کشور نیز می‌گویند کارکردها و فعالیت‌های شورای علمای شیعه تاثیر مثبت در نظم و پیشرفته جامعه داشته و دارد و تمامی مطالبات این شورا خواسته‌های یک بخشی بزرگی از جامعه می‌باشد.
این شورای بزرگ علمایی در حال حاضر ۷۰ نمایندگی در ۲۰ ولایت کشور دارد که در راستای ترویج آموزه‌های دینی، تحقق اخوت و برادری و دفاع و حراست از منافع بزرگ ملی فعالیت می‌کند.