شورای سراسری علمای شیعه افغانستان تشکلی از علمای برجسته اهل تشیع کشوراست که در پاییز ۱۳۸۲ ه ش در کابل توسط حضرت آیت الله العظمی محسنی(رح) بنیان گذاشته شد.
این شورا در طول دو دهه گذشته فعالیت‌های چشمگیری داشته و همواره در مسائل کلان ملی و اسلامی تاثیر گذار بوده است.
با روی کار آمدن حکومت جدید و تحولات ۲۴ اسد، شورای علمای شیعه یکبار دیگر آستین بالا زده و برای مذاکرات سازنده با مسئولان حکومتی وارد میدان شدند. این شورا با تشکیل جلسات مختلف مردمی مطالبات اهل تشیع را جمع آوری و با ایجاد کمیسیون ویژه‌ای آن را با جانب حکومت شریک ساختند.
مطالبات اهل تشیع که توسط کمیسیون ویژه دنبال می‌گردد در نشست‌های مختلف در کابل و ولایات گرد آوری شده است. مطالباتی که در آنها یکبار دیگر بر ایجاد اخوت و برادری میان مردم افغانستان تاکید شده و آمده است که حقوق و سهم گیری همه اقوام باید در روشنی قوانین اسلامی و ملی عملی گردد.
با این حال کارکردهای این شورا مبنی بر تحکیم برادری در بین علما و افراد بر هیچکسی پوشیده نیست، علمای بزرگ و مطرح اهل سنت در رابطه به شورای علمای شیعه به نیکی یاد می‌کنند و می‌گویند که شیعه و سنی برادر همدیگر هستند.
برخی از بزرگان و متنفذین قندهاری همچنین بر جایگاه و محبوبیت شورای علمای شیعه در میان اقشار مختلف مردم اشاره کرده و می‌گویند این شورا همواره از جایگاه ویژه ای برخوردار بوده است.
شورای علمای شیعه کشور اکنون در ۲۲ ولایت با داشتن بیش از ۷۰ نمایندگی یکی از نهادهای معتبری دینی است که نمی‌توان جایگاه و تاثیر گذاری آن را در جامعه اسلامی افغانستان نایده گرفت.