شماری از دانشجویان دانشگاه بامیان از حذف فقه جعفری در این دانشگاه شکایت دارند. دیپارتمنت فقه جعفری هم‌زمان با تاسیس دانشکده شرعیات در دانشگاه بامیان در سال ۱۳۹۶ فعالتیش را آغاز کرد. حالا اما گفته می‌شود از تدریس فقه جعفری دراین دانشکده دانشگاه بامیان خودداری شده است. حذف مضامین درسی که شش سال تدریس شده است.
دانشجویان بامیانی در اعتراض به این اقدام خواهان توجه مسئولان امور هستند.
رئیس دانشگاه بامیان اما چیز دیگری می‌گوید. او مدعی است هیچ تغییری از جانب وزارت تحصیلات عالی و ریاست دانشگاه بامیان در مفردات درسی نیامده و احتمال دارد این تصمیم رئیس دانشکده شرعیات باشد.
با این همه، مشکلات دانشجویان دانشکده شرعیات بامیان به این خلاصه نمی‌شود بلکه در این اواخر بسیاری از مضامین درسی نیز برخلاف سال‌های قبل به زبان عربی تدریس می‌شود و این امر مشکلات بی‌شماری را برای فهم درست آنان از درس به وجود آورده است.