هدف از فعالیت نهادهای جامعه مدنی دادخواهی برای تامین عدالت و آگاهی دهی در باره حقوق شهروندان خوانده میشود اما انتقادهای وجود دارد که بسیاری این نهادها از پول کمکهای خارجی تمویل میشوند و در برخی موارد تعداد از نهادهای مدنی وابسته به افراد سیاسی اند.
برخی اعضای ولسی جرگه با انتقاد از جامعه مدنی میگویند، برخی این نهادها سیاسی و پروژه یی عمل میکنند.
فوزیه کوفی رئیس کمیسیون امور زنان ولسی جرگه که روز دو شنبه در محفل تجلیل از پانزدهمین سالگرد تاسیس مجتمع نهادهای جامعه مدنی شرکت کرده بود در صحبت با رادیو آزادی همچنان گفت، در کنار سیاسی بودن برخی نهادهای جامعه مدنی، این نهادها قریهها را فراموش کرده و بیشتر به شهرها توجه کردهاند.
در حال حاضر صدها نهاد مدنی زیر نام انجو و سازمان اجتماعی در کشور فعالیت دارند و در پانزده سال اخیر پس از سقوط رژیم طالبان این نهادها در افغانستان رشد چشمگیری داشتهاند.
داد خواهی برای تامین عدالت برای قربانیان خشونت و آگاهی دهی در باره حقوق مردم یکی از اهداف عمده فعالیت این نهادها خوانده میشود.
اما متکی بودن این نهادها به پول نهادهای تمویل کننده خارجی از مواردی خوانده میشود که میتواند نهادهای جامعه مدنی را در آینده با خطر نابودی روبرو سازد.